Dlaczego raz piszemy Lac+ a raz lacZ- czyli kilka słów o nazewnictwie

 

¨        Nazwy genów (są to zwykle trójliterowe skróty) piszemy kursywą i zaczynamy  mała literą np. gen kodujący beta-laktamazę, enzym rozkładający pierścień b-laktamowy oznaczamy:  bla

¨        Zwykle zdolność do rozkładu bądź syntezy jakiegoś związku warunkowana jest przez kilka genów np. operon lac (rozkład laktozy) zawiera geny lacZ,  lacY,  lacA – kolejne geny oznaczane są wielką literą (także kursywą)

¨        Obecność lub brak funkcjonalnego genu określa się odpowiednio znakiem  „+”  lub  znakiem  „-” np. brak genu b-galaktozydazy oznaczymy: lacZ -

¨        Delecję fragmentu DNA w obrębie w genie zaznacza się grecką literą  D  ( delta)

¨        Produkty genów piszemy zawsze wielką literą, wspomniana b-galaktozydaza to w skrócie LacZ.  Analogicznie - produkt genu recA to białko RecA

¨        Czasami interesuje nas fenotyp bakterii tj. czy dany szczep posiada jakąś właściwość czy nie. Nie wnikamy wtedy w nazewnictwo poszczególnych genów warunkujących daną cechę, lecz ogólnie opisujemy np. Lac+  -  jeśli bakterie zdolne są do rozkładu laktozy.

¨        Podobnie jest z określaniem wrażliwości bądź oporności bakterii na konkretny antybiotyk. Bakterie oporne określamy r (od ang. resistant), bakterie wrażliwe – s (od ang. sensitive). Np. jeśli mamy na myśli gen warunkujący oporność na tetracyklinę, to piszemy: tet r.  Fenotyp takiego szczepu zapiszemy: Tet r.

¨        mutacje: 

Niektóre mutacje mogą prowadzić do powstania białek wrażliwych na podwyższoną temperaturę. Mutacje te określamy jako  ts (od ang. temperature sensitive). Przykładem mutacji ts jest punktowa mutacja w genie represora CI faga lambda. Zmutoway represor CI traci aktywność w temp. 42oC. Zmutowany gen zapisujemy: cI857(ts)

¨        Bakterie mogą zawierać pozachromosomalne elementy genetyczne – plazmidy. Obecność plazmidu w komórkach zazwyczaj oznaczana jest w postaci kwadratowych nawiasów. Np. Szczep E.coli MM294 zawierający plazmid pUC19 opisujemy:  E.coli MM294 [pUC19]. Nawiasy kwadratowe pomija się często w przypadku naturalnie występujących plazmidów: np.  plazmidu F, R.

¨        Obecność transpozonu w genie zaznaczamy symbolem „::”(podwówjny dwukropek), mutację w genie lacZ wywołana obecnością transpozonu Tn3 zapiszemy lacZ::Tn3

¨        Fragment DNA pochodzący od profaga, zintegrowany z chromosomem bakteryjnym zapisuje się w postaci nawiasów okrągłych

 

 

 

Ó Anna-Karina Kaczorowska